Подводные лодки типа С должны были строиться тремя сериями (IX-3 субмарины, IXбис – 41 субмарина и XVI), однако самая последняя из них XVI, состоявшая из 21 лодки, - так и осталась неактуальной. К началу войны все они находились на ранних стадиях строительства и ни одна из этих лодок не была достроена.

В строительстве серии IXбис участвовали заводы №189 «Балтийский завод», 194 «им. Марти», №196 «Судомех» (сегодня Адмиралтейские верфи), №112 завод «Красное Сормово», №402 (ПО «Севмаш»), 638 «им. Сталина» (АСПО).

30 участвовавших в Великой Отечественной войне подводных лодок типа С потопили в общей сложности 21 (82 770 брт) торговое и рыболовное судно и 7 боевых кораблей (подлодку, тральщик, две десантных баржи, два охотника и сто­рожевик). Еще 8 судов (32 809 брт) и один охотник получили повреждения различной тяжести. В масштабе общих достижений советских подводников «эски» претенду­ют примерно на треть (35% торгового тон­нажа, 33% числа потопленных боевых ко­раблей, 36% поврежденных судов). Не­сколько меньше численность потопленных торговых судов — всего 20%, но тут «эски» взяли не количеством, а качеством. Наи­больших успехов достигли балтийские под­лодки: они отправили на дно 12 и повре­дили 6 торговых судов.

Но и флотилия «Средних» понесла тяжелые потери. По разным причинам погибло и пропало в годы ВОВ 15 лодок этого типа.

Хорошо проявили себя подводники, во­евавшие на «эсках» Северного флота. В 1943— 1944 годах они в условиях силь­ного вражеского противодействия унич­тожили 6 торговых судов и 5 боевых ко­раблей при минимальных собственных потерях. Этому способствовал заметно выросший уровень подготовки личного состава, а также переход к новым эффек­тивным методам торпедной стрельбы (четырехторпедным залпом с временным интервалом). Успехи черноморских под­водников оказались гораздо скромнее — в частности, из-за сравнительно неболь­шого числа торговых судов у противника, а также значительного процента случаев, когда цели представляли собой плавсред­ства с малой осадкой.

За боевые заслуги двум подводным лодкам присвоены гвардейские звания и шесть награждены орденом Красного Знамени, в том числе С-56 была удостоена обеих наград.